En tant que structure porteuse du Contrat de rivière, il anime le comité de rivière et coordonne tous les maîtres d’ouvrage, les financeurs et les usagers.
Avec le Grand Lyon, le Sagyrc est également le principal maître d’ouvrage du Contrat de rivière, puisqu’il a en charge les grands aménagements écologiques et hydrauliques de protection contre les inondations (barrages écrêteurs à Francheville et Tassin-la-Demi-Lune et travaux d’élargissement des cours d’eau).